Ага, загрязняем окружающую среду?
Полагаю, что и на "Атлантисе", и на "Дедале" были и ванные (либо душевые кабинки), и туалеты. Просто создатели решили не тратить на их показ киношное время (обычно такие моменты остаются за кадром и логически домысливаются зрителями).

Что касается рейфов. То при их способе питания, полагаю, туалеты на ульях излишни (разве что для почитателей - им то нужно где-то нужду большую и малую справлять во время полётов; а то загадят весь Улей). А вот нечто вроде душевых, наверное, было. Как-никак рейфы - разумные существа и тоже не чуджы понятия чистоплотности.