1. Начнётся опять кокаято операция "Х", в следствии которой Атлантис исчезает, Рейфы улетают с Пегаса кудато подальше так что про них на миллиарды световых лет вокруг Пегаса и Млечного пути все забудут.

2. Маккей опять ченить натворит и:
1. Он не успеет все исправить и вся команда вместе с городом пропадает фиг знает куда.
2. Ченить натворит с временем (как в Континиуме) и Атлантиса просто не найдут, начнётся отсчёт новой реальности с точки когда применили 8й кристал во вратах. Все заживут долго и счасливо потому как тот кристал несроботает
3. Атлантис прижмут к стенке и все решатся сделать из города камикадзе, тут Маккею ,думаю, бомбочку с сверхсилой особого труда не составит создать.

А вообще кончится все так что мы не будем знать как все кончилось потому как конец будет очень непонятным. Разве что в Universe (хоть там и говорят что он писчем несвязан) разгадается тайна концовки Атлантиса.

Рейфы усовершенствовали гипердвигатели и добыли координаты Земли - им их слили тайные рейфоманы из экспедиции на Атлантисе. Флот рейфов прилетает к земле и...

1. они видят, какая это красивая планета, их начинает мучать совесть и они покидают Млечку и Пегас навсегда.
2. они видят, во что люди превратили свою прекрасную планету, и начинают "зачищать" ее от людей.
3. они начинают пир с Америки и травятся американцами, объевшимися фаст-фудом и прочим джанком)))
4. они начинают пир с Индии и Китая, а в это время американцы эвакуируются в Пегас и основывают Соединенные Штаты Атлантиса. А рейфы остаются на земле))) С нами.