Мой сценарий был написан ещё во времена первой части Mass Effect. И BioWare придерживались его до ME2. Он также даёт ответ на название игры.
-------
Для начало нужно знать, что такое темная материя. В серии игр Mass Effect тёмная материя и тёмная энергия находятся в форме так называемого «Нулевого элемента». Он необходим для движения со сверхсветовыми скоростями. Некоторые существа - биотики, используя тёмную энергию, могут контролировать поля эффекта массы.
-------
Миллионы лет назад, существовала некая раса (назовем их Создатели), возможна одна из первых появившихся разумных рас в галактике. Именно они открыли и начали применять технологию Эффекта Массы т.е. использовали Нулевой элемент. На основе этих технологий они создали Цитадель и Ретрансляторы.

И вот прошли десятки тысяч лет, и звезды в галактике начали быстро стареть (этим объясняется старение солнца в ME2 - миссия по вербовке Тали на планете Хестром) и превращаться в черные дыры. Погибали целые системы. Триллионы живых существ. В последствие Создатели выяснили, что виной этому манипуляции с темной материей. Единственный способ спасти галактику - перестать пользоваться технологиями работающими на нулевом элементе.
Но процесс эволюции цикличен и скорей всего появится другая раса, которая подвергнет галактику опасности и неизвестно хватит ли у них ума перестать пользоваться нулевым элементом. Поэтому Создатели придумали следующее решение проблемы:

Они создали первых Жнецов, и добровольно слились с ними. Синтез органики и синтетики. Объединенные в одном, Создатели пытались увеличить свои знания и следовательно решить проблему с темной материей. Они пытались найти замену технологиям Эффекта Массы, чтобы в последствии поделиться ею с расами живущими в галактике, а следовательно спасти их. Но даже объединившись, решение не было найдено.

Будучи Жнецами, Создатели рассчитали примерное время использование темной материи, после которого звезды начинают стареть. Эволюция циклична, но не равноускоренна. Для поддержания цикла они намерено оставили Ретрансляторы и Цитадель, чтобы расы развивались, так как того хотели они. Как только наступало время (примерно 50000 лет с предыдущего Цикла), с Цитадели отправлялся сигнал (ВИ Катализатор), прилетали Жнецы и уничтожали развитые цивилизации, а подходящие перерабатывали, превращая в Жнеца. Таким образом происходило обновление ДНК - приобретались новые знания, опыт, информация.

50000 лет назад Жнецы столкнулись с очень развитой цивилизацией Протеан, которые оказали сильнейшее сопротивление чуть было не разорвавшей Циклы (излучатель "Горн") Война с ними затянулась и длилась несколько веков. Тем самым практически не разорвав, но растянув Циклы созданные Жнецами - следующий мог стать последним...

Наступила время нашего Цикла. Благодаря исследованиям Коллекционеров (измененных Протеан), оставленных в галактике, для изучения подходящих для переработки рас, Жнецы наконец нашли что искали. ДНК людей как ничья другая подходила для синтеза со Жнецом (отсюда внешний вид прото-Жнеца). И скорей всего решение проблемы с темной материей было бы найдено. Всё осложняло, то что из-за затянувшейся войны с Протеанами скорость старения звезд увеличилась. И на спасение галактики у Жнецов оставалось очень мало времени.
------
В первоначальном сценарии игры, в финале перед Шепом стоял выбор –
1 – Пожертвовать собой и расой людей для спасения галактики (т.е. идеальный Жнец , он же Протожнец, смог бы создать технологию заменяющую старую - Эффект Массы, и смог бы придумать способ остановить запущенный процесс воздействия темной материи на звезды)
2 – Либо послать Жнецов куда подальше (уничтожить Жнецов) и ныне живущие расы сами придумали бы новую технологию, взамен Эффекту Массы (только неясно каким образом (предположительно ренегатская концовка))"